Open Diary - May 2008

5/31 (Sat)

T&Tに買い物に出かける。
- 混んでいたので to go にして、家に帰ってからご飯を食べる。
- その後、ちょっとばかりバタバタして疲れた。モンちゃん奉仕デーにしようと思っていたが、残念でした。

5/30 (Fri)

指紋をとりに HQ へ再び。
- 前回（2/14/2008）にとった奴が結局３ヵ月前になってしまうので、取り直し……。
[phys]nanoプロジェクト
- ポスターの内容の（詳し目の） latex 原稿を改訂。
  - 今月の月刊レポート用。まあそれから論文に向けた草稿用でもある。
  - 8/28/2008: セミナーの準備。
- 詳しそうな隣人に coarse-grained model について、それとなく聞いてみる。
  - 5/2/2008 に考えたこと。
  - で、いくつか（偶然見つけた類の、という）論文を教えてくれたので、印刷しておく。
[phys]ryuon
- stvis-vtk.py の改良。

5/29 (Thu)

[phys]nanoプロジェクト
- nanoforum, day 2
日本からの手紙。
- 昨日（5/28/2008）の配達票を持って薬局にある郵便窓口に取りにいった。すると EMS でもなく、お金も取られなかった。 registered mail （書留め）でも国際的な tracking number が付くんだな。

5/28 (Wed)

[phys]nanoプロジェクト

nanoforum, day 1

景品 - NINT のネーム入りの memory stick 512MB(!)

umass0: PINGTEC Flash Disk, rev 2.00/1.00, addr 2
da0 at umass-sim0 bus 0 target 0 lun 0
da0: <PINGTEC Flash Disk 5.00> Removable Direct Access SCSI-2 device 
da0: 40.000MB/s transfers
da0: 497MB (1019392 512 byte sectors: 64H 32S/T 497C)
tpr60# mount -t msdos /dev/da0s1 /mnt
lstpr60# ls /mnt
tpr60# df
Filesystem  1K-blocks     Used   Avail Capacity  Mounted on
/dev/da0s1     509424       16  509408     0%    /mnt

ううむ、 512MB というラベルに偽りはなかった…… （何かの間違いかなとちょっと期待してた）。まあ、おまけだからな。

ポスター・セッション。
- 6/2/2008: 月刊レポート、６月号。

オランダから手紙が届いた。
- 5/26/2008の件（cf. 5/15/2008）。 5/11 からなので 17 days だ。
- が、日本からの EMS, 配達時に受取人がいないと持ち帰りで、翌日の午後にならないと窓口でもピックアップできない、と。そんじゃなくても custom ですごくすごく時間を食っているし、噂では何もしてなくても手数料を徴収するという話だし、しょうがないなぁ……。
  - 5/29/2008: ピックアップしてきた。

5/27 (Tue)

[phys]nanoプロジェクト
- 昨夜 order した poster 印刷が、今朝にはすでに出来たとメールの知らせ。
- 無事にピックアップ。印刷に特に問題はなかった。ということで、作業終了！

5/26 (Mon)

[phys]nanoプロジェクト
- nanoforum のための poster 作り。
  - 結局、週末の間に仕上がらなかったので、今日中にできるだけ早く完成させて大学に行って印刷しようと思っていた。何しろ水曜からの conference なので、今日印刷のオーダーを出さないと間に合わない、という切羽詰まった状況。
  - 昨日寝る前に早く起こしてとお願いしたとおりに起こしてもらう。
  - かおの windows machine に入っている、その昔日本にいる頃にかお用に買った office の powerpoint で、シコシコと。何でポスターを powerpoint でとは昔から思うけど。まあ絵をレイアウトするという意味ではスライドもポスターも同じなんだけど。慣れてないこともあるんだろうが、すべて GUI でやるのに疲れた……。
  - 気づいたらお昼を過ぎ、気づいたら５時をまわり、結局印刷のオーダーを（オンラインで）したのが夜の１０時近かったな。しかし何とか完成できたのでよしとしよう。
  - 5/27/2008: 印刷、完了。
  - 8/28/2008: セミナーの準備。
オランダから問い合わせに対する返事のメールが届いた。
- 5/11 に発送された、とのこと。それが 5/15 に届く訳がない（よな……）ので、やっぱりそれは支払い確認前に（一人分の料金以上は既に支払っていたので）処理したと考えられる（そこのところの疑問に関する返答はなかった）。もう暫く待ってみよう。
- 日本からの書類の方だが、 EMS が全然早くなく（調べてみたら皆が皆文句を言っている、どうも canadapost が元凶らしい）、いまだ届いていない。

5/25 (Sun)

[phys]nanoプロジェクト
- ポスター作り。
  - まだまだヒーコラ言っている。
  - 午後、一度大学に計算結果を回収に出かける。しかし、当てにしていた計算がまだ終わっていなかった。待っててもしょうがないので、帰宅。
  - その後もずっと格闘していたが、結局２時過ぎに眠くて断念。一旦休むことにする。

5/24 (Sat)

[phys]ryuon
- WLC:
  - CF-porous:
    - 平衡の結果が上がっていた。解析するが sphere との違いが見られない……まいった。
  - CF-sphere:
    - 追加計算を解析。こっちも何か面白みがあまりない結果だ。
    - 現状、ただ dumbbell や hex2d 用の初期配置準備計算といったところだな。
  - CF-cylinder:
    - 現状で解析。欲しい所を見極めて流しておく。
  - HI
    - shear と pressure-driven 用に、平衡から初期配置を 20 個ほど取り出す。
    - 流せるだけ流しておく。
[phys]nanoプロジェクト
- ポスター作り。
  - 休日出勤。
  - 丸々一日を潰す。が、まだ計算中。つまり、これから解析したり絵を作ったりする予定。
  - 帰宅途中、 A&W に寄ってジャンクフードを買って帰る。

5/23 (Fri)

[phys] ポスター作り。
- 今週最後の business day. しかし印刷は月曜にオーダーすれば間に合いそうなので、しかるべく物事を進める。つまり、未だに内容の補充のための計算を続行中。
[phys]ryuon
- WLC:
  - 固定粒子系の問題：
    - 外力ありはそれっぽいが、外力なしの場合は依然、何か変。
  - HI in porous:
    - EV抜きの計算は今のところ良好。固定粒子をすべって、下に抜けそうなところまできている。
    - 完全に抜けるところを見るために、続きをする。
  - 力学的な反発力を入れることにする。
    - LJ 的な repulsive で実装。
    - stokes3 で使える所まで完了。
  - CF-sphere:
    - これまでの結果を解析。
    - まだ平衡に達してないかもしれないので、追加計算を BUE9 に仕込んでおく。
    - ついでに、少し大きめな系も。
  - CF-porous:
    - これまでの結果を解析。
    - サイズに対して系統的でないが、これもまだ平衡に達していないか？
  - CF-cylinder:
    - これまでの結果を解析。
    - これまた平衡に至ってないものが結構多い。順次 continue しておく。
    - 解析コードを改造、 extension を見れるようにする。
    - で結果を見る。実験の論文があって、結構おもしろそうになってきた。
- libstokes:
  - bonds も angles も NULL が no interaction にした。
  - が、どうもコードのどこかで NULL ではいけない処理をしているみたい……。要検証。

5/22 (Thu)

しばらく前（4/17/2008）に「出来てますよ」と知らせのあった書類をカルガリーに取りにいく。
- 片道３時間、一日仕事である。
- あちらに着いたのがちょうどお昼休み時間だったので、こちらもお昼ご飯を食べようと、ベトナム料理屋に入った。私のチャーハンは甘くて今一だったけど、かおの頼んだ麺はなかなかうまかった。
- 書類は無事にピックアップ完了。
- これならば、郵送してもらうように手配しておけばよかったな。一手間かけるのが不安であった、というのが一番の要因であったのだけど。
[phys]ryuon
- WLC:
  - 固定粒子系の問題：
    - 怪しいと目星をつけていた lub の poly, 一通り見たが、間違いは発見できず。
    - なので簡単な状況からどんどん詰めていく：
      - １自由、１固定で粒子サイズを振って、問題ないことを確認。
      - 固定を８に増やす。これも問題ない。
      - ここまでは non-Brownian. ここで Brownian に移行。そっちでも問題無し。
      - bond を入れる。問題無し。
      - bond + angle 問題無し。
      - bond + angle + EV で、出た。つまり EV が問題の原因らしい。
    - ev-dh.c と ev-dh-guile.c を眺めてみるが、問題ないみたい。

5/21 (Wed)

[phys]ryuon
- WLC:
  - HI 込み flow 中の DNA：
    - HI 版 porous から。初期配置を作るのが第一歩だな……。
  - confinement 系：
    - porous でトラブる。
      - 原因は初期配置で overlap 回避にジグザグ配置を作ったのだが、とんがっている部分が不安定になってた（当たり前）。
      - むしろ straight から LJ を緩めて始めて、ゆっくり絞っていく方がよい（手間はかかるけど）。
  - stokes3.c の外力の扱いが、 poly の時にいらぬお節介をしている。
    - そうした当時の理由が既に記憶にないが、むしろ直接指定できるようにする方がよいので、取り合えず comment out しておく。
  - 何かしかし思うように動かないなあ……。

5/20 (Tue)

[phys]ryuon
- WLC - confinement 系：
  - 週末からやってた cylinder 系の追加計算を流しておく。
  - sphere 系：
    - 初期配置の準備。平衡からサイズに収まりそうな奴を抜き出す。
    - ２つほど流しておく。
  - hex2d 系：
    - いくつか bug を潰す。
    - straight config から走らせるが、ダメだ。
    - より simple な dumbbell でもダメ。
[music] 今日の車で気になった男性ボーカル＋ギターの曲。
- 調べたら Darol Anger の Bluebird という曲（Generation Nation）、かな？確認していないので分からない。

5/19 (Mon)

依然、風邪で鼻と頭が痛い……。
- 祝日は関係なく休むことにする。
- うむ、ポスターを作らなければならないのに……。

5/18 (Sun)

どうも風邪をひいたらしい。
- 昨夜はすごく暑くて寝れなかったのだが、気温だけじゃなくて、こっちの体もおかしかったのだな。最近、免疫力が落ちているかな。
- 今回も感染源はかお。今回は鼻風邪みたいで、甘く見てたら手こずっていた様子。

5/17 (Sat)

職場のグループで BBQ （本番）。
- 先週は予行演習。
- 気温が２０度を越え、空は晴れ上がり、暑かった。
- 最初、モンちゃんはお留守番させていたが、子供たちが退屈そうだったので、途中一旦家に戻って公園デビューさせた。予想以上に落ち着いていた。しかし、木の花かな、粘着性のものが沢山足にくっついて大変だった。家に帰ってから、足の裏の毛をハサミで切るしかなかった。

5/16 (Fri)

[phys]ryuon
- libstokes:
  - BD の相互作用の一連の guile parser の名前がまちまちなので、 [構造体]_guile_get() という形式に統一しておく。
- WLC:
  - dWLC-EV について：
    - 何か結果があまり変化してないので、疑惑を感じ、ちょっとチェック。式や無次元化の過程には問題なさそう。
    - cut-off の指定方法を、精度を与えて exp 因子から見積もる形式に変更。
  - confinement 系：
    - guile parser のテストコードを書いて、チェックする。終了。
    - stokes3 に組み込む。
[blog][千夜千冊] 「第千二百四十一夜　2008年5月16日モリス・バーマンデカルトからベイトソンへ世界の再魔術化」@senya(lc)
- 引用：
  中世までの世界では、「質」がさまざまな部分に染み出していた。
  ……
  けれども、魔術が科学におきかえられてしまってからは（錬金術が化学になって以降は）、「量」と「質」とはまるで敵対関係のようになった。かつてマックス・ウェーバーはその歴史的光景を「世界の魔法が解けていく」と描写した。
  ……
  バーマンは、この魔術から科学への変容によって「ミメーシス」という世界観もがたがたと解体していったことを強調していて
  ……
  ミメーシスとは何かというと、語り手に聞き手が身を寄せるということである。すべての知識を、身体的に、演劇的に、感応的に解釈するということである。
  ……
  このミメーシスを取り戻すことをバーマンは考えつづけた。そして最終的にはグレゴリー・ベイトソンの『精神の生態学』（４４６夜）に行きついたのであるが、そこへ行くまでが苦労の連続だった。なぜなら、そこには“いわゆるオカルト学”が手を替え品を変えて待ち伏せしていたからだ。グノーシス、ヘルメス学、拡張アグリッパ、延長パラケルスス、ボヘミア主義、近代カバラ、シュタイナー（３３夜）、ライヒ、カスタネダ（４２０夜）‥‥。
  ……
  というわけで、バーマンは一挙に「デカルトからベイトソンヘ」というふうに転換したわけではなかったのだが、そしておそらくはニューエイジ・サイエンスをあらかた渉猟したのだろうが、いったんベイトソンの視点に辿り着いてからは、今度はその視点や思想によって「世界は新たな再魔術化が可能ではないか」というふうな論旨に進んでいった。
  ……
  （この「再魔術化」という用語は）「新たに魅了する」ということが主題になっていると見たほうがいい。フランス語では「アンシャンテ！」（enchant）といえば、「うん、すっかり気にいった」と意味になるけれど、だいたいはそれに近くて、体ごと気にいった世界観をどのようにつくるかというのが、バーマンの言いたかったことなのである。それをベイトソンに学ぼうというのだ。
  ……
  ところでバーマンは、現代の社会がこのようなベイトソン的世界観をもつためには、その他の役に立ちそうないくつかの応援隊も繰り出している。
  その一つは、マイケル・ポランニー（１０４２夜）の「暗黙知」への着目だ。
  ……
  二つ目は、レヴィ＝ストロース（３１７夜）が重視した「野生の思考」のようなものを、現代人だってその見方と感情を含めてもつべきだろうということだ。
  ……
  三つ目の応援隊には、いろいろのヒントの提供者がまじっている。たとえばウィリアム・ライヒのオルゴン・エネルギー説であり、ジュリアン・ジェインズのバイキャメルラル・マインド論である。あるいはロバート・ブライのグレートマザー感覚の重視や仏教的な因果律の大切さといったものだ。
  
  こうしてバーマンが最後に提案するのは、ちょっと意外かもしれないが、「意識の政治」の確立というものなのだった。
  ……
  むしろぼくとしては、それを「意識の政治」と名付けたいのなら、安全や安心をばらまくのが政治なのではなく、不安の解消を「新たな意味の誕生」によって充当したほうがいい、と言いたいところだ。
[music] 行きの車の中で聞いた曲がよかった。
- 後で調べてみたら、 Julia Fordham の "Italy" という曲（Concrete Loveというアルバム）だったようだ。
- 昨日か一昨日の帰宅時の車でもいいやつが何かあったが、ダメだ、追いきれなかった。今度からはきちんとメモしておこう。

5/15 (Thu)

[phys]ryuon
- WLC:
  - dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
    - 昨日の dWLC-noHI-EV シリーズ、終わっているものを回収。
    - 今渡こそ noHI の N=2000 を持ってきて解析。が、こいつも何か飛んでる瞬間があるな……
  - confinement 系：
    - まず、力の形を選定する。色々考えたが、結局 LJ type 一本にしておく。
    - struct confinement を修正して、実装完了。チェック済み。
    - guile parser も改訂。こっちは未チェック。
[phys] 調べのもをしていて TOUR なんてものを見つけた。
- TOhoku University Repository の略らしい。まあそんなもの、どうでもいいけれど。
- あるかなと思って見たら、紀要だけだったけれど、あった。
  "Particle-Scale Dynamics of Fluidized Beds(Abstracts of Doctoral Dissertations,Annual Report (from April 1996 to March 1997))"(hdl.handle.net)
  そういえば、こういうものを準備しろと言われたかもしれない。まあ全然たいしたものではないですが。件の論文は（日本語で）いつもの場所に置いてあるので、興味のある方はどうぞ。
- Ｄ論といえば、そのむかし基研が「博士論文を archive しよう」とかいうのに、よい activity だと思って自分のを送ったことがあったけれど、そのサイト、閑古鳥すら寄り付かないような恐ろしい状況のままだなあ。あれは何がいけなかったんだろうか。
- 8/26/2008: いろいろな repositories.
- 3/20/2009: 再発見。
帰宅したらオランダから封筒が一通。
- 前回のことがあるので慌てて中身を確認したら、かおの分の VOG （だけ）だった。私の分は別の封筒でくるのかな？まあ、お金の振込は問題なく済んだし、「１４日以内」ということも問題なかったということなんだろう。もうしばらく待つことにしよう。
- 3/31/2008: 書類発送。
- 4/27/2008: 追加送金。
- 5/26/2008: メールによる問い合わせへの返事。
- 5/28/2008: 私の分も無事に届いた。

5/14 (Wed)

[phys]nanoプロジェクト
- nanoforum の書類手続、担当者に渡しておく。
- 経過：
  - 2/19/2008: 参加しましょう。
  - 3/13/2008: registration.
  - 4/3/2008: paperwork.
  - 5/12/2008: posterでaccept.
  - 5/14/2008: paperwork.
[phys]お勉強
- Phys.Fluids の最新号から一本。
[phys]ryuon
- WLC:
  - 文献漁りの続きを少々。
  - dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
    - 今日は HDD を少し空けたので N=884 と 1000 を持ってくる。（N=2000 を持ってきたら full になった……）。
    - 何かどれも途中でおかしくなっているな。要チェックだ。
  - confinement の実装：
    - 目処が付いてきたので code を libstokes/src に移動。
    - 今のところ５種類を実装している： sphere, sphere + hole, cylinder, dumbbell, hex2d.
    - libstokes/test/test-confinement.c を書く。 CF_init() のチェックと、 sphere の場合は確認した。
    - guile interface を書く。
[読書]しばらくきちんと読書していなかったな。
- と、東野圭吾の「レイクサイド」を読み終わって思った。が待てよ、そうそう有栖川有栖の「山伏地蔵坊の放浪」ってのをしばらく前に読んだんだった。それで思ったのだけど、正直に言って私はミステリー好きな人間ではないようだ。トリックにあまり興味がないのかな。というか、あの形式というか体裁に何かマニアックな、閉じた雰囲気を感じた。今回の「レイクサイド」も、こういう素人な私はミステリーだと思ったけど、それだけではないというか、多分ミステリーという形式の方がおまけだったせいか、楽しめた。非マニアックな、読者を限定しない空気というのかな（対比として）。前に読んだ「手紙」よりも個人的にはよかったかな。
- 読書の趣味って、結構子供の頃の経験に依存していると思う（読書に限らないとも思う）。私の個人的な文庫本ブームが盛り上がった頃（小学校高学年か中学のあたりだったかな）まあ順当にアガサ・クリスティとかも読んだと思うけど、そっちには引っかからなかったな。そういえば眉村卓にちょっとはまったような気がする。いわゆるジュナイブルもの。でも話の筋とか全然記憶に残ってないし、多分、今読むとまた違った感じなんだろうな。まあ普通に言って全然読書家ではなかったし、今も全然読書家ではない。
- 7/13/2008: 横山秀夫「顔」、読了。
- 8/9/2008: 東野圭吾「幻夜」、読了。

5/13 (Tue)

[phys]ryuon
- WLC:
  - dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
    - 途中で変な値が紛れ込んでいるように見えた N=136 をやり直してみたが、また変な事になっているみたい。 dt が大きすぎるのかな？
    - stncdump.py の -step option で time もコメントとして表示するようにする。
    - HDD がいっぱいなので、その他の新しい結果は N=400 のみ。こいつもまた途中でおかしな挙動をしている。やっぱり dt が大きいのだろうか？
  - confinement の実装：
    - 平衡状態の次のターゲットとして、少し色気のある話ということで。
    - 実装開始。
      - 簡単なものから実装するのがいいかもしれないが、いつものようにまず本丸（hex2d）を攻めてみる。
      - 悪くなった頭で幾何学をボチボチと。
      - ついでなので dumbbell も組んだ。
      - テストの方法を考えておかないといけない。
    - 関連する文献を漁っておく。
[blog] 「週末婚？」@tatsuru(lc)
- 以下、引用。まず話は「週末婚」について、
  しかし、私が気になるのは、週末婚が夫婦のそれぞれがアクティヴな社会的活動に従事しており、高額の家賃を負担しても十分に単身で生活できる経済力を有しているという条件はかなり不安定なものではないかということである。
  例えば、週末婚配偶者の一方が病気になったり、失職した場合に、他方の配偶者はこれにどう対応するのであろう。
  ……
  週末婚は「強者カップル」においては可能だが、一方の配偶者が弱者になれば破綻の危機に瀕するということである。
  ……
  実情は「弱者の切り捨て」ということである。
  と、前振りがある。その後、
  昔、あるインディペンデントな夫婦を知っていた。夫婦それぞれ仕事を持ち、相当な年収を得て、お互いを束縛せずに、異性関係を含めてかなり自由に活動していた。そういうのもありなのかしらと私は眺めていた。その妻があるとき病気になった。脳内出血で意識を失ったのである。しばらく植物人間状態が続いたあと、夫は妻を実家に送り返した。荷物みたいに。
  という話が来る。そこで「親族」というものについて、
  私たちは必ず年老い、病み、仕事を失い、心身の機能が低下する。親族はそのようなときのための「安全保障」の装置である。だから、私たちは自分の親族のうちに、幼児や老人や病人や障害者をフルメンバーとして受け容れている。私たちはかつて幼児であり、いずれ老人になり、高い確率で病人や障害者になる。そのときの「弱い私」をフルメンバーとして敬意を以て接してくれるような共同体を構築するために、「強い」ときに、持てるリソースの相当部分を彼らのために割くのである。
  
  結婚の誓言は「富めるときも貧しきときも、健やかなるときも病めるときも」という条件を課している。現に、富めるときや健やかなるときに私たちは親族を必要としない。いくらでも友だちがおり、取り巻きがおり、どこでも歓迎されるからだ。しかし、貧しいとき、病めるときには、かつての知友は知らない顔をして通り過ぎてゆき、どこの家のドアも開かない。親族はそのようなrainy day のためのものである。貧しいとき、病めるときでも、親族は見捨てない。
  と来る。ここまでフムフムと読んでいたのだけど、最後の締めが、
  そのことを知っていたからこそ、さきほど例に挙げた夫は昏睡状態の妻をその「親族」に送り返したのである。
  と。この一文で突然、樹さんが何を言いたいのかよく分からなくなってしまった。この夫は、弱者を切り捨てた人間なのか、それとも強いときに自分の持てるリソースを割いて親族を構築していた人間なのか。もちろん、ここには書かれていないことが沢山あって、後者であるという可能性もあるんだろうが。
- 「強者カップル」的な、苦労知らずな能天気人間が周りにいたら困るなあと思う。が、苦労もすればいいという訳ではないことも知っている。苦労が悪い方に出る人ってのも結構いるからなあ。苦労を経験としてよい方向に出せる人間になりたいものだと思う。それから、「強者」選抜的な枠組みではない（つまり競争的ではない）前進というか進歩というか、そういうことについても、何か有意義に実現できないものだろうか、と。
  - 1/30/2011: 苦労について
- 6/13/2008: ある「古い知り合いの成功譚」を読んで。
- 8/1/2003: 一番自己中心的な人たちは、普通の人達なんだろうな。
- 12/6/2008: 面倒事は他人事として切り分けていくこと。
- 12/19/2008: 「おせっかいな人」@tatsuru.

5/12 (Mon)

[monton]今日のモンちゃん。
- 前回の件（5/1/2008）。あちらでの確認作業が終わって、今日無事にモンちゃんにマイクロ・チップが埋め込まれた（文字通り「埋め込む」って感じ。針と呼べないような太い針で背中の皮下にブスっと）。
- これでモンちゃんが家から逃亡したとしても大丈夫だ。
- 合わせて注射をしたので、今日は一日様子を見る。
- 6/16/2008: 注射、その２。
[phys]ryuon
- WLC:
  - FENE 用の EV の SCM parser を実装。
    - EV なしの場合は空の list を与えるようにしているのだけど、それだと warning を出すのがみっともないので。
    - 同様な振る舞いは、粒子半径と slip length にもある。こいつらはまた時間があるときに。
  - EV for FENE の debug:
    - EV を入れても結果が全然変わらないので、チェック。
    - 紙の上の式と実装でまたまたスケーリングが混乱しまくっている。
      - ノート（WORK/tex/note/20070507-dna/dna.tex）を整理する。
      - そのように実装する。
    - 根本的な間違いを発見。 bonds->fene の 0 と 1 を取り違えていた。（自分で決めておいてこれだからな……）
  - noHI-EV シリーズを計算：
    - 分布は広がった（それらしく）。
    - 拡散係数 D は「全く」変化なし。こういうものか？
    - 緩和時間 Tr は遅くなっている。
  - HI-EV に進んでみよう。
[phys]nanoプロジェクト
- nanoforum からメール。oral で apply してたが poster に回された。まあいいか。
- 経過：
  - 2/19/2008: 参加しましょう。
  - 3/13/2008: registration.
  - 4/3/2008: paperwork.
  - 5/12/2008: posterでaccept.
  - 5/14/2008: paperwork.

5/11 (Sun)

[monton]今日のモンちゃん。
- 今日は比較的涼しかったので、きちんと外に散歩に連れて行った。それでも帰ったらベタっとしていた。これからの季節がちょっと心配だな。
- 久しぶりに風呂に入れた。雪が無くなって、散歩から帰っても放っていたけど、きれいになった姿を見ると、前はやっぱりちょっと汚かったな、と実感した。

5/10 (Sat)

職場のグループで BBQ
- その後、一旦解散してから夜は pub に繰り出す。バスで出たので普通に飲んだ。が、完璧に弱くなったな。あと食いすぎた。
- 5/17/2008: 本番。

5/9 (Fri)

[phys]ryuon
- WLC:
  - 既存の（基本的な）理論をおさらいするために、また Doi-Edwards を家から持ってきた。
  - FENE の検証：
    - 最初、一般的なパラメータのめどをつける。
    - TP でぼちぼち行ってみる。 N=11 - 201 まで。

5/8 (Thu)

[phys]ryuon
- WLC - また別の bug 疑惑：
  - 未だに code の信憑性に疑いを捨てきれない。今回は noHI と HI の結果の差。
    - 昨日の計算の結果の一部を解析、静的な量は変化なしだが、動的な量で変化があった。
    - このずれは本質的なものだと思っていたのだが、よく見ると、このずれが前にスケーリングの bug を見つけたときと同じ、ちょうど粒子サイズだったから。
  - 最新のコードで確認計算。
    - N を振って挙動を押さえる。
    - N が小さい極限で noHI と HI の一致が見られ、それぞれ別のスケーリングに乗っていることも確認。
    - ということで、今回の差が粒子サイズだったのは偶然だった、つまりたまたま N=20 の点で見ていた、ということで、一件落着。

5/7 (Wed)

[phys]ryuon
- WLC:
  - noHI の bottlenecks（5/3/2008の話）:
    - start-up 時のそれは exclusion list の生成に時間を食っていることが判明。
      - その後の main loop は問題ない performance だ。
      - 目的は近接粒子間の lub を除くためなので、暫定的に noHI の場合か lub なしの時は skip するようにしておく。
    - siPC が遅い件：
      - GSL を使っているのだが、 bottleneck は gsl_multiroot_fsolver_set() という初期化部分だ。何でこいつがこんなに遅いのか分からないが……。
  - stokes3 の dt の意味を変える。
    - これまでは出力間隔だったものを integrator への時間刻みとし、出力間隔は nout というパラメタを導入して指定する。
    - 昔の st!=0 のための ncol は nout で置き換え。
    - これで BD の結果を間引いてファイルを小さくできる。
    - 最初は小手先の修正でごまかそうと思っていたのだが結局、大幅な修正になってしまった。しかし、うまく収まってくれた。
  - 長い DNA の config を作る script を書く。
    - もうそろそろ手で書くのは限界にきたので。
    - とりあえず straight だけだけど、書いた。
  - 長めの dWLC を noHI で、 bue9 に投入しておく。

5/6 (Tue)

[phys]ryuon
- WLC - スケーリングの bug 修正：
  - しかるべく、昨日のノートにしたがって、今度こそ正しく scaling を実装。

5/5 (Mon)

[phys]ryuon
- WLC - スケーリングの bug 修正：
  - これまでの話を tex note (WORK/tex/note/20070507-dna/simple.tex) にまとめる。
  - この過程（これまで曖昧に泥縄で行っていたことを始めから終わりまで通して書くという）で、何と昨日までやっていた修正も間違いであることが発覚したよ、ありゃりゃりゃ……。
  - 5/6/2008: 実装。

5/4 (Sun)

[news] 「クルム伊達がダブルスで優勝／テニス」@yahoo(lc)
- 「伊達、復帰戦ダブルスで優勝」(lc)
- １１年ぶりの復活でこれか。すごいな。
- 「クルム伊達、単は逆転負け／テニス」@yahoo(lc)
- メディアの偏向（話題性に対する）はもう始めから頭に入れるようにしているけど（cf.12/22/2007）、個人的には優勝した人が素晴らしいという事実もきちんと見たい（cf.11/19/2006）。もちろん自分自身、今回の伊達の復活劇がなければ、そもそもカンガルー杯なんて記事を見たりはしなかったが……。このタナスガンさんも３０代で「今大会８年ぶり２度目の優勝」なのか。
- 「＜伊達公子＞復活に「若手だらしない」と強化本部長」(lc)
- スポーツ組織（何とか協会だのというやつ）の、年寄りが偉そうにものを言う体育会系な空気は大嫌いだけど、強化本部長とかいう人（立場上あたりまえな、というかそう言うべき立場の人だけど）が言う「日本のテニス選手はだらしないと言われてもしようがない」というのは正しいよな。その非の何パーセントかは当の「強化本部」にもあるだろうが。
- 11/15/2008: [news]クルム伊達16年ぶりＶ！２冠王手／テニス。

5/3 (Sat)

[phys]ryuon
- WLC
  - スケーリングの bug 修正：
    - dWLC の計算で再検査。
      - 手抜き実装（で overhead があると思うの）だが、 performance にはそれほど影響はない。
  - noHI でチェックしてみようとしたが、 performance が想像以上に悪すぎる。
    - implicit だと、まず徹底的に遅い。
    - explicit でも start-up に時間が非常にかっていて、おかしい。
    - 5/7/2008: とりあえずの処置。
夕食はおよばれ。
- 前回（12/15/2007）はモンちゃんが来たばかりで、私は家でお守りをしていたが、今回は参加。手作りのメキシコ料理が出てきて、お腹いっぱい。食後のデザートも手作り。その後ゲームをしたが、最初は遊び半分だったのが皆途中から真剣になってきて、気が付いたら１０時を回っていた。
- 家に帰ったら、モンちゃんは「今日は愛情不足だった！」と言っていた。

5/2 (Fri)

[phys]ryuon
- WLC - スケーリングの bug 修正：
  - F^B の計算。修正、終了。
  - 4/30/2008: bug 発覚。
[phys]グループ・セミナー。
- プリオンの話。
- 彼らは分子レベルでタックルしているが、（空間スケールはともかく）時間スケールを考えると、そう、やっぱり brownian dynamics でしょうとか、色々妄想しておく。
- 5/30/2008: 少し落ち着いたので、ちょっと聞いてみる。
- 6/19/2008: 久しぶりのセミナー。
- 4/3/2008: 前回のグループ・セミナー（私の番）。

5/1 (Thu)

ありゃりゃ、もう５月か。
- いろいろとテンパってきているなあ…… 一つずつ、 tension を落としていくしかないのだろう。
[phys]月刊レポートを書く。
- 男は潔く２枚４ページっと。しかし仕事の方は締切りがあるのに順調に進んでいない、むしろ全てが遅れ気味と、 unhappy な状況。自己管理能力が低いのか（とまあ、いっつもいっつもいっつも言っているけれど）。今日はモンちゃんのアポがあったので、結局これだけ。
- back-numbers:
  - 6/2/2008: ６月号
  - 5/1/2008: ５月号
  - 4/1/2008: ４月号
  - 3/3/2008: ３月号
  - 2/1/2008: ２月号
  - 1/7/2008: １月号
  - これ以前は１２月号のリンクから。
[monton] モンちゃん関係で病院へ。
- 最初は「散歩だー！やったー！！」と大はしゃぎしてたモンちゃん、車から降りた場所に悪い記憶が蘇ってきたか、病院に入るともうジタバタ。まあ何にも覚えてないバカ犬ではないという証拠だが。 routine の計量でお医者さんを目前にしただけで、またいつものごとくチビって弱虫っ子丸出し。
- しかし、不確定要素もあり、結局今日は痛いことは一切なしで帰る。車の中で妙にリラックスしてたモンちゃんであった。
- 5/12/2008: 完了。

2008年5月

5/31 (Sat)

5/30 (Fri)

5/29 (Thu)

5/28 (Wed)

5/27 (Tue)

5/26 (Mon)

5/25 (Sun)

5/24 (Sat)

5/23 (Fri)

5/22 (Thu)

5/21 (Wed)

5/20 (Tue)

5/19 (Mon)

5/18 (Sun)

5/17 (Sat)

5/16 (Fri)

5/15 (Thu)

5/14 (Wed)

5/13 (Tue)

5/12 (Mon)

5/11 (Sun)

5/10 (Sat)

5/9 (Fri)

5/8 (Thu)

5/7 (Wed)

5/6 (Tue)

5/5 (Mon)

5/4 (Sun)

5/3 (Sat)

5/2 (Fri)

5/1 (Thu)